Enkele leden van de familie hebben de Tweede Wereldoorlog door krijgshandelingen niet overleefd of zijn op andere wijze meer dan gemiddeld in aanraking gekomen met de gevolgen van de oorlog.

Nicolaas van Meerkerk (1916-1942) was als KNIL-militair gelegerd op een punt van Tarakan, een klein eiland voor de kust van Borneo. Taak van de KNIL-militairen was het eiland te verdedigen tegen de Japanners die vanuit zee kwamen en het eiland na gevechten innamen. Als wraakneming zijn alle daar gelegerde militairen door de Japanners overgebracht naar een oorlogsschip voor de kust van Tarakan en op onbekende wijze omgebracht en in zee gegooid.

Bij latere contacten tussen Japanners en Nederlanders, waarbij het taalprobleem een rol speelde, maakten de Japanners een gebaar met de hand tegen de keel toen hen gevraagd werd wat er met de KNIL-militairen was gebeurd. Dit zou echter ook een algemeen gebaar voor "om het leven brengen" kunnen zijn geweest. In ieder geval was het omkomen van niet-marinemensen op zee een ongewone gebeurtenis.

Johanna Wilhelmina van Meerkerk (1889-1945) is in Nederlands Indië omgekomen in Semarang, kamp Gedangan. Dit was een Japans burgerkamp. Johanna Wilhelmina is begraven op het ereveld Kalibenteng, Semarang.

Hermanus van Meerkerk (1924-1944) is in de Tweede Wereldoorlog in Rotterdam opgepakt en tewerkgesteld in Schwerin in Duitsland. Na een verlof in Rotterdam was hij op de terugreis naar Schwerin en probeerde hollend een tram te halen. De Duitsers dachten dat hij op de vlucht was en schoten hem dood. De officiële plaats van overlijden van Hermanus is Warschau, Polen.

Jan Marinus van Merkerk (1904-1995), gemeente-ontvanger in Hardinxveld-Giessendam, was een van de Merwedegijzelaars en heeft tussen 11 mei en 19 september 1944 vastgezeten in kamp Vught en in kamp Amersfoort.